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蛋白质组学和代谢组学 定量蛋白质组学 DIA

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    DIAData Independent Acquisition,数据非依赖性采集技术)的定义最早由Venable在2004年提出,和数据依赖性采集技术(DDA)不同点在于DDA需要选择特定母离子进行碎裂,DIA则是将整个质谱扫描质量范围分为若干小窗口,依次对每个窗口的所有离子进行碎裂采集所有能够采集的碎片离子信息。但是由于一个窗口内的众多母离子肽段会同时碎裂,因此碎片离子和母离子的对应关系就很难精准确认,所以在进行DIA数据分析之前需要基于DDA方法建立一个真实的谱图库。


适用范围:

所有样本均适用,尤其是难取得的珍贵样本;

大样本量项目DIA定量的优势体现更显著。


技术优势:

        与传统的shot-gun技术相比(见下图),DIA采集模式数据采集具有以下优点:

数据采集更全面,无数据丢失,数据可追溯;

定量鉴定复杂的样品中所有分子,包括低丰度蛋白;

定量准确度高:定量准确度与MRM技术相当。




实验流程



送样指导


样品类型

样品要求(/组样品)

备注

蛋白质溶液

蛋白质总量≥300µg

重复实验则量翻倍,建议准备两份样品备用。

组织样品

样品总量≥0。1g

按照蛋白质组织提取效率(蛋白:组织=7%

细胞样品

细胞数量≥107

胰酶消化,按细胞冻存标准离心收集细胞即可。

体液样品

血清≥200µL,脑脊液≥200µL,尿液≥1mL ,泪液≥1mL.

 

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案例分析:背侧和腹侧海马不同的DIA蛋白质组、转录组和表观遗传应激反应


研究背景:急性压力会通过改变海马体功能引发神经精神障碍并损害认知过程,为了解析压力导致的海马体背侧和腹侧区域的分子变化,作者通过小鼠模型,利用定量蛋白质组(SWATH-MS)和转录组学技术分析了压力刺激前后背侧(dHC)和腹侧海马体(vHC)区域的分子变化。

结果解读:

 

 

参考文献:

Floriou-Servou A, von Ziegler L, Stalder L et al., Distinct Proteomic, Transcriptomic, and Epigenetic Stress Responses in Dorsal and Ventral Hippocampus. Biol Psychiatry. 2018, 84:531-541. doi: 10.1016/j.biopsych.2018.02.003.


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